Kebakaran hutan umumnya jarang terjadi di Borneo, namun seperti yang telah diceritakan di atas, saat ini Borneo sama terkenalnya akan kebakaran hutannya dengan hutan hujannya. Kebanyakan kebakaran di Borneo dibuat untuk kepentingan membuka lahan. Walau pemerintah Indonesia telah kerap menyalahkan pertanian-pertanian skala kecil atas kebakaran yang terjadi, meurut WWF, pemetaan satelit menunjukkan bahwa pengembangan komersil untuk pengubahan lahan skala besar — terutama perkebunan kelapa sawit — adalah penyebab utama kebakaran 1997-1998.

Kebakaran 1997-1998 adalah yang terbesar yang pernah diketahui. Sekitar 9,7 juta hektar hutan dan lahan non-hutan terbakar, serta diperkirakan menyebabkan kerugian ekonomi lebih dari 9 milyar USD dan melepaskan 0,8-2,5 giga ton karbon ke atmosfer. Di Kalimantan, lebih dari 6,5 juta hektar terbakar dan asapnya menyelimuti pulau tersebut. “Menyelimuti wilayah seluas 2.000 dari 4.000 km,” menurut WWF.

Saat ini, kebakaran dibuat setiap tahunnya untuk membuka hutan di wilayah-wilayah pertanian dan hutan yang telah terdegradasi. Saat kondisi kering, api ini dapat dengan mudah menyebar hingga ke hutan-hutan di dekatnya dan terbakar tak terkendali. Seperti yang dijelaskan WWF, hutan Borneo tidak mudah beradaptasi dengan kebakaran hutan.

Walau kebakaran memiliki peran penting dalam ekosistem hutan di banyak daerah di dunia, namun hutan hujan tropis terkecualikan, terutama karena munculnya dan meluasnya praktek-praktek manajemen yang tak mendukung. Normalnya, hutan hujan tropis tak akan terbakar karena kelembabannya. Lebatnya kanopi biasanya menjaga apa yang ada dibawahnya tetap lembab, walau di masa kekeringan. Terlebih lagi, material-material biologis membusuk sangat cepat di iklim yang lembab. Sebagai hasilnya, hanya sedikit material mudah terbakar yang terdapat di atas tanah. Dan pohon-pohon di daerah iklim tropis basah tidak bisa beradaptasi dengan kebakaran hutan. Mereka hanya memiliki kulit kayu yang tipis, dibandingkan pohon-pohon yang memiliki kulit lebih tebal dan tahan api di daerah iklim sedang.

Kebakaran hutan yang besar dan tak terkontrol saat ini muncul hampir setiap tahun di Borneo. Frekuensi dan intensitas dari kebakaran ini memunculkan ketegangan politis di kawasan tersebut. Negara-negara tetangga, terutama Malaysia dan Singapura menyalahkan Indonesia atas kegagalannya mengendalikan kebakaran. Sebaliknya, Indonesia menuduh perusahaan-perusahaan Malaysia sebagai pembuat api untuk kepentingan membuka hutan.

Sampai bulan Februari 2007, Indonesia belum menandatangani Perjanjian Polusi Asap Lintas Batas ASEAN, sebuah persetujuan lingkungan hidup yang ditandatangani oleh tujuh negara Asia Tenggara lainnya yang menyatakan akan mengendalikan polusi asap di kawasan tersebut.